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M

m - クラス org.simBio.bio.faber_rudy_2000.current.INa の変数

m - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.I_Na の変数

gate variable (dimensionless)

m - クラス org.simBio.bio.noble_et_al_1998.Model の変数

m - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.INa の変数

main(String[]) - クラス org.simBio.Composer の static メソッド

最初の引数にmodelの基礎となるxmlを指定します。

main(String[]) - クラス org.simBio.Entry の static メソッド

TODO parse Options.

main(String[]) - クラス org.simBio.ResultGenerator の static メソッド

main(String[]) - クラス org.simBio.Run の static メソッド

Main entry.

main(String[]) - クラス org.simBio.RunGUI の static メソッド

Create GUI

main(String[]) - クラス org.simBio.sim.ps.serialize.TocReader の static メソッド

main(String[]) - クラス org.simBio.XmlGenerator の static メソッド

Main_epsilon - クラス org.simBio.bio.cor.Vanderpol_model_1928 の変数

Main_epsilon (dimensionless).

Main_x - クラス org.simBio.bio.cor.Vanderpol_model_1928 の変数

Main_x (dimensionless).

Main_y - クラス org.simBio.bio.cor.Vanderpol_model_1928 の変数

Main_y (dimensionless).

MakeLabelLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.ALaCarte のメソッド

MakeLabelLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.CsvMaker のメソッド

Label line

MakeLabelLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.result.AbstractAppender のメソッド

MakeLabelLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.result.ALaCarte のメソッド

MakeLabelLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.Siblings のメソッド

MakeLabelLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.Total のメソッド

MakeValueLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.ALaCarte のメソッド

MakeValueLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.CsvMaker のメソッド

MakeValueLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.result.AbstractAppender のメソッド

MakeValueLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.result.ALaCarte のメソッド

MakeValueLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.Siblings のメソッド

MakeValueLine() - クラス org.simBio.sim.analyzer.csv.Total のメソッド

mark(int) - クラス org.simBio.sim.dm.util.StringInputStream のメソッド

markSupported() - クラス org.simBio.sim.dm.util.StringInputStream のメソッド

MassConservation - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function の クラス

calculation of molecular concentration conformed to mass conservation law [A] = [A]total - [A']

MassConservation() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation のコンストラクタ

MassConservation2 - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function の クラス

calculation of molecular concentration conformed to mass conservation law [A] = [A]total - [A']

MassConservation2() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MassConservation2 のコンストラクタ

MathFunction - org.simBio.util.numerical の クラス

This abstract class represents a mathematical function on a simBio model tree.

MathFunction() - クラス org.simBio.util.numerical.MathFunction のコンストラクタ

MathMultivariableFunction - org.simBio.util.numerical の クラス

This abstract class represents a mathematical function on a simBio model tree (light-weight version).

MathMultivariableFunction() - クラス org.simBio.util.numerical.MathMultivariableFunction のコンストラクタ

MathUnivariableFunction - org.simBio.util.numerical の クラス

This abstract class represents a mathematical function on a simBio model tree (light-weight version).

MathUnivariableFunction() - クラス org.simBio.util.numerical.MathUnivariableFunction のコンストラクタ

max - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.ICaL の変数

max - クラス org.simBio.bio.himeno_et_al_2008.Ist の変数

PKA phosphorylate

MAX - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.cf.ICaL の変数

max - クラス org.simBio.bio.takeuchi_et_al_2006.function.Ouabain の変数

maximum amplitude [A/F]

max - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis の変数

max - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis の変数

max - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph_KA の変数

maxFactor - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.cf.IVRCC の変数

factor to define maximum VRCC activation by swelling

maxFactor - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.function.AmplitudeNaK の変数

factor to define maximum INaK activation by swelling

maximum - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Amplitude の変数

maximum value of the target

maximum - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AmplitudeInCycle の変数

maximum value of the target

maximum - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Limitter の変数

上限

maximums - クラス org.simBio.sim.ps.view.PlotContour の static 変数

maximums for z-axis of each evaluation

maxProducingRate - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.complex.ATPsynthesis の変数

max rate of ATP production (/msec).

maxTime - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.AbstractGraph の変数

これまでの最大時刻

MDP - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APDforSA2 の変数

最大分極電位 (mV)

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RelationGraph_LP のメソッド

plot targets.

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AbstractMeasure のメソッド

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Amplitude のメソッド

keep the maximum and the minimum value of the target.

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AmplitudeInCycle のメソッド

keep the maximum and the minimum value of the target.

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APDforSA のメソッド

Vmがthresholdを超えている時間を計測する。

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.APDforSA2 のメソッド

Vmがthresholdを超えている時間を計測する。

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.HR のメソッド

総電流が負から正に変化した時間を計測する。

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.LeadPotential のメソッド

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Limitter のメソッド

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.PeakDetect のメソッド

targetの変化分を計算し、その符号が変わったか、変化分が0になった時点を極値として記憶する。

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Sum のメソッド

measure(double) - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.VmaxTime のメソッド

Membrane - org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952 の クラス

Membrane.

Membrane() - クラス org.simBio.bio.hodgkin_huxley_1952.Membrane のコンストラクタ

membrane_Cm - クラス org.simBio.bio.cor.Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified の変数

membrane_Cm (microF_per_cm2).

membrane_E_R - クラス org.simBio.bio.cor.Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified の変数

membrane_E_R (millivolt).

membrane_V - クラス org.simBio.bio.cor.Hodgkin_huxley_squid_axon_1952_modified の変数

membrane_V (millivolt).

MembranePotential - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function の クラス

membrane potential on mitochondrial inner membrane.

MembranePotential() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MembranePotential のコンストラクタ

MembraneTransporter - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current の クラス

Abstract class of membrane transporters.

MembraneTransporter() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2003.current.MembraneTransporter のコンストラクタ

MembraneTransporter - org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current の クラス

abstract class of membrane transporters.

MembraneTransporter() - クラス org.simBio.bio.terashima_et_al_2006.current.MembraneTransporter のコンストラクタ

metal - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MetalFreeConcentration の変数

metal ion concentration

MetalFreeConcentration - org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function の クラス

free concentration of metal affinity molecule [A]free = [A]total / (1 + [metal]free / kD)

MetalFreeConcentration() - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.MetalFreeConcentration のコンストラクタ

Mg - クラス org.simBio.bio.kuzumoto_et_al_2007.current.IK1 の変数

the concentration of Mg2+ (mM)

min - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis の変数

min - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.Axis の変数

min - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.simple.RateGraph_KA の変数

minDt - クラス org.simBio.core.VariableList の変数

minimum dt

minfi - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.INa の変数

minimum - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Amplitude の変数

minimum value of the target

minimum - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.AmplitudeInCycle の変数

minimum value of the target

minimum - クラス org.simBio.sim.analyzer.measure.Limitter の変数

下限

minimums - クラス org.simBio.sim.ps.view.PlotContour の static 変数

minimums for z-axis of each evaluation

mode - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の変数

MODE_AUTOSCALE - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis の変数

動作モード：スケール自動変更モード

MODE_AUTOSCROLL - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis の変数

動作モード：追従モード

MODE_FIXED - クラス org.simBio.sim.analyzer.graph.Axis の変数

動作モード：固定モード

MODE_LOAD - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

MODE_OPERATED - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

MODE_OPERATING - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

MODE_WAIT - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork の static 変数

Model - org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp の クラス

Cardiac Muscle Model by Negroni and Lascano.

Model() - クラス org.simBio.bio.negroni_lascano_1996.exp.Model のコンストラクタ

Model - org.simBio.bio.noble_et_al_1998 の クラス

Noble98 Guinea-Pig Ventricular Cell Model by courtesy of Penny Noble.

Model() - クラス org.simBio.bio.noble_et_al_1998.Model のコンストラクタ

modelBufferClear - クラス org.simBio.sim.gui.GUI の変数

計算開始時に、Viewer の再計算バッファをクリアするためのフラグ

modeLoading() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

動作モードを読込中にする。

modeOperated() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

動作モードを演算後にする。

modeOperating() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

動作モードを演算中にする。

modeWait() - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.SimpleGUIFrameWork のメソッド

動作モードを入力待ちにする。

MonteCarlo - org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState の クラス

MonteCarlo() - クラス org.simBio.bio.sarai_noma_2004.fourState.MonteCarlo のコンストラクタ

mouseDragged(MouseEvent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDMouseMotionListener のメソッド

mousePressed(MouseEvent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDMouseMotionListener のメソッド

mouseReleased(MouseEvent) - クラス org.simBio.sim.gui.toolKit.dndmenu.DnDMouseMotionListener のメソッド

mtau - クラス org.simBio.bio.tenTusscher_et_al_2004.current.INa の変数

MultiStateModel - org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics の クラス

Ligand-operated multi transition model.

MultiStateModel() - クラス org.simBio.bio.oka_et_al_2006.function.kinetics.MultiStateModel のコンストラクタ

myu - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.GradientP の変数

u value

myu - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.function.RedoxPotentialCyta の変数

u value

myu - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.ComplexIII の変数

u value

myu - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.RespiratoryChain.OxidativePhosphorylation の変数

u value

myu - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.ANT の変数

u value (=0.861)

myu - クラス org.simBio.bio.matsuoka_et_al_2004.molecule.Transporter.PhosphateCarrier の変数

u value (=0.861)